Buku Mata Pelajaran IPA ini disusun untuk membantu siswa dalam mempelajari dan memahami konsep IPA sesuai kompetensi dasar yang diharapkan dalam kurikulum 2013. Buku ini terdiri dari 9 Bab yang disusun secara runtut mengikuti struktur kompetensi dasar dan dibagi dalam 4 tema besar yaitu: Materi (Bab 1, 2, dan 3), Sistem (Bab 4) Perubahan (5, 6, 7, dan 8) dan Interaksi (Bab 9). Pembagian tema ini dimaksudkan agar siswa dapat dengan mudah memahami dan mengaitkan konsep-konsep yang terdapat pada masing-masing bab.
Pembahasan pada setiap babnya dalam buku ini, selalu diawali dengan proses dan aktivitas yang harus dikerjakan siswa (IPA sebagai inkuiri) baik dalam bentuk pertanyaan kasus, kegiatan pengamatan, atau percobaan sederhana. Hal ini diharapkan dapat memupuk keingintahuan siswa tentang topik yang akan dibahas. Kemudian, pembahasan dilanjutkan dengan penjelasan singkat topik tersebut yang disertai ilustrasi dan penerapannya dalam kehidupan serta review dan berpikir kritis. Dengan model pengorganisasian seperti ini, diharapkan siswa mendapatkan kemudahan untuk melatih kompetensinya terkait dengan mata pelajaran IPA.
Menjelang akhir bab diberikan renungan untuk penguatan kecerdasan emosional dan afektif serta menyadari hakikat diri sebagai makhluk Tuhan. Akhir bab berupa pertanyaan dan tugas, mulai dari sekedar mengingat konsep, kemudian penerapan konsep, berpikir tingkat tinggi, dan tugas proyek. Dengan cara ini, diharapkan pada diri peserta didik tumbuh kompetensi pada ranah kognitif, afektif, dan psikomotorik sesuai dengan yang diharapkan dalam pembelajaran IPA.